稅務(wù)稽查檢查企業(yè)以下重點問題：1、增值稅零申報問題；2、稅負率異常問題；3、進項發(fā)票對比問題；4、稅收優(yōu)惠企業(yè)認定問題；5、農(nóng)產(chǎn)品發(fā)票抵扣問題；6、發(fā)票用量有差異問題。

稅務(wù)機關(guān)通過監(jiān)測企業(yè)或企業(yè)上下游客戶的開票信息以及財務(wù)數(shù)據(jù)，實現(xiàn)對企業(yè)是否存在虛開發(fā)票狀況的監(jiān)管。企業(yè)離線開具的發(fā)票會在聯(lián)網(wǎng)時同步到稅務(wù)系統(tǒng)，稅局也可以通過金稅三期和增值稅防偽稅控系統(tǒng)全面監(jiān)控企業(yè)的進項和銷項情況。若企業(yè)虛開發(fā)票，進項和銷項的情況和往期比較會出現(xiàn)明顯的變化波動。

稅務(wù)稽查指的是通過相關(guān)稅務(wù)稽查部門的核實，由稅務(wù)稽查部門依法組織實施的對納稅人、扣繳義務(wù)人履行納稅義務(wù)、扣繳義務(wù)情況進行全面地、綜合的檢查。稅務(wù)稽查主要對象是針對涉及偷、逃、抗、騙稅的企業(yè)或納稅行為。

稅務(wù)稽查是指由稅務(wù)稽查部門依法組織實施的，對納稅人以及扣繳義務(wù)人履行納稅義務(wù)、扣繳義務(wù)情況進行全面、綜合的檢查。稅務(wù)稽查是稅收征收管理工作的重要步驟和環(huán)節(jié)，是稅務(wù)機關(guān)代表國家依法對納稅人及其納稅情況進行檢查監(jiān)督的一種形式。